饮水机消毒可以用二氧化氯，将二氧化氯和水制成溶液之后，就可以对饮水机进行清洗，不过需要多清洗几遍;双氧水也可以对饮水机进行清洗，不过成本较高;使用食品级消毒剂清洗饮水机很安全，需要稀释使用。
二氧化氯是通过氧化性对细菌进行分解，因此可以快速分解细菌达到杀菌消毒的目的，二氧化氯的成本很低，但是清洗完毕后可能会残留一些气味，因此清洗完毕后要多用水清洗几遍，可以倒几滴白醋去除刺激性气味。
双氧水稀释之后就可以对饮水机进行清洗，并且还能有效的分解饮水机内的污垢。双氧水清洗剂的残留容易清洗，只要水洗几遍基本不会有残留，并且清洗效率也很高，还有杀菌消毒的作用，唯一的缺点是价格很贵。
由于饮水机是水源的容器，清洗完毕后消毒剂会随着水进入人体，因此为了安全起见最好使用食用级的消毒剂。将食用级消毒剂稀释后浸泡，并用干净毛巾开始对饮水机内壁进行擦拭，清洗完毕后一定要用水多冲洗几次。
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