哈尔滨市内的黑龙江省传染病防治院为省级疫情定点医院，哈尔滨医科大学附属第一医院、哈尔滨市医科大学附属第二医院等4所医院为省级后备定点医院，除此之外还有哈尔滨市传染病院、哈尔滨市胸科医院两所市级定点医院和数十所区县级定点医院。
哈尔滨市省级疫情定点医院有1所，是黑龙江省传染病防治院。而省级后备疫情定点医院有四所，分别是医科大学附属第一医院、哈尔滨市医科大学附属第二医院、哈尔滨市医科大学附属第四医院、黑龙江省医院。
哈尔滨市有两所市级疫情定点医院，分别是哈尔滨市传染病院、哈尔滨市胸科医院为市级定点医院。而区县级疫情定点医院有哈尔滨市南岗区人民医院、哈尔滨市道里区人民医院、哈尔滨市道外区太平人民医院。
区县级疫情定点医院还有平房区人民医院、哈尔滨市呼兰区第一人民医院、哈尔滨市阿城区人民医院、双城区人民医院、哈尔滨市巴彦县人民医院、哈尔滨市宾县人民医院、哈尔滨市方正县人民医院
哈尔滨区县级疫情定点医院还包括哈尔滨市通河县人民医院、哈尔滨市五常市人民医院、哈尔滨市延寿县人民医院、哈尔滨市依兰县人民医院、木兰县人民医院、尚志市人民医院、哈尔滨市香坊区人民医院。
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