大曲为糖化发酵剂，其原料主要是小麦、大麦，加上一定数量的碗豆，并且大曲采用的是顶部发酵。而小曲是以大米、马铃薯、玉米、大麦、黑麦为原料，用小曲制成的酒具有独特的米香。
大曲采用顶部发酵，酵母一直漂浮在发酵液体的表面，并且要求环境的温度在16℃~24℃。而小曲以马铃薯或玉米、大麦、黑麦为原料，再使用精馏蒸馏法制作出来的一种液体。
大曲为糖化发酵剂，其原料主要是小麦、大麦，加上一定数量的碗豆，并且大曲又分为中温曲、高温曲和超高温曲。而小曲所用原料以大米为主，用小曲制成的酒具有独特的米香。
大曲中主要的微生物是曲霉和醋酸菌、乳酸菌以及酵母。而小曲中的主要微生物是根霉和毛霉以及少量酵母。在制曲时选择多菌种混合制曲。而曲中的微生物存在的种类与制曲温度有密切的关系，不同的制曲温度直接影响着大曲酒的风味特点。
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